Protein Data Bank Japan（PDBj、日本蛋白質構造データバンク）

08/09/2026

大阪大学共創DAY＠EXPOCITY2026 出展のお知らせ

大阪大学が主催する大阪大学共創DAY＠EXPOCITY2026『知が交わる ミライが動く』
https://www.ccb.osaka-u.ac.jp/news/2026%e5%a4%a7%e9%98%aa%e5%a4%a7%e5%ad%a6%e5%85%b1%e5%89%b5dayexpocity/
に蛋白質研究所・PDBjも出展します。皆さまのお越しをお待ちしています。

大阪大学共創DAYとは、体験イベント、ミニレクチャー、展示などを通して、大阪大学のさまざまな研究成果や、社会課題を発掘・解決する「共創」の取り組み、そして、その先に創造する未来社会の姿をご紹介するイベントです。子どもから大人まで多くの皆さまと、科学・研究・学術の魅力を楽しみながら学び合うことができます。

イベント概要は以下の通りです。

日時：2026年9月26日（土）11:00～17:00
場所：ららぽーとEXPOCITY
https://mitsui-shopping-park.com/lalaport/expocity/
（大阪府吹田市千里万博公園２−１）
https://goo.gl/maps/TFJJoSbi35wTrpuh7
入場料：無料
主催：国立大学法人大阪大学
特別協賛：三井不動産株式会社
協力：大阪モノレール株式会社
後援：吹田市教育委員会、豊中市教育委員会

蛋白質研究所・PDBjの出展内容

場所：ららぽーとEXPOCITY 1階 光の広場
出展形式：ブース
出展タイトル：見て・さわって・作って！タンパク質の世界
出展概要
食べ物などでおなじみの「タンパク質」は、実は私たちの生命を支えるちいさな“分子機械“として仕事をしています。このブースでは、赤青メガネやステレオグラム、ビューワーなどでタンパク質分子を一緒に眺めながら解説していきます。いっしょに「タンパク質」を体験してみよう！

01/09/2026

細菌は自身を保護し、特定の場所に定着するために「バイオフィルム」をつくります。これが望ましくない場所で行われると、感染症などの問題を引き起こすことがあります。今回はこのバイオフィルムを構成するポリマーをつくるしくみに関するお話です。

詳しくは今月の分子「321: バイオフィルム（Biofilms）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/321?l=ja

Bacteria form "Biofilms," which protect them and tether them in place. When they are created in an unwanted place, they may cause problems such as infection. This article explains how biofilm components are built.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 321: Biofilms
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/321

#セルロース #アミロイド

01/08/2026

私たちの細胞において、DNAは通常、ヒストンというタンパク質に巻き付いてヌクレオソームをつくり、コンパクトにまとめられています。ユビキチンは、傷んだタンパク質や不要なタンパク質を分解するための目印としてよく知られていますが、実はヒストンにも結合し、この場合は遺伝子発現の抑制や活性化という働きをします。今回の記事ではこのしくみについて解説しています。

詳しくは今月の分子「320: ヒストンユビキチン化・脱ユビキチン化複合体（Histone Ubiquitination and Deubiquitination Complexes）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/320?l=ja

In our cells, DNA is typically packaged compactly by wrapping around proteins called histones to form nucleosomes. While ubiquitin is well known as a marker that targets damaged or unnecessary proteins for degradation, it also binds to histones and functions to either repress or activate gene expression. This article explains the mechanism behind this process.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 320: Histone Ubiquitination and Deubiquitination Complexes
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/320

#ユビキチン #ヒストン

01/07/2026

ハンタウイルスは、ネズミなどのげっ歯類が排泄した物を含む粉じんの吸入ことなどによって感染する人獣共通感染症を引き起こすウイルスで、クルーズ船で感染症が発生したことで話題になりました。今回はこのウイルスの構造とこれに対抗する抗体に関するお話です。

詳しくは今月の分子「319: ハンタウイルス（Hantavirus）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/319?l=ja

Hantavirus is the causative agent of a zoonotic disease—an infection transmissible between animals and humans—often contracted through inhalation of dust containing rodent excreta, such as that from mice or rats; the virus recently garnered attention following an outbreak on a cruise ship. Here, we discuss the structure of this virus and the antibodies that combat it.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 319: Hantavirus
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/319

#中和抗体

05/06/2026

We will be holding a luncheon seminar at the 26th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
https://aeplan.jp/pssj2026/
on 19 June, 2026. Online participation via Zoom is also available!

Seminar title
Are you ready for the New PDB Beta Archive and Extended PDB IDs?

Seminar abstract
As the Protein Data Bank is running out of 4-character IDs, we expand the ID system to 12 digits. In preparation, the world-wide Protein Data Bank (wwPDB) recently launched the new PDB archive, "PDB Beta," which is available for testing. The directory structure of this new archive is based on the expanded ID, and it will become the main archive after the 4-character PDB IDs are depleted. This Beta archive contains all PDB data and is updated weekly. This seminar will explain the current and future structure of PDB IDs and public archives, as well as the phasing out of the old PDB format. There will also be a Q&A session. We look forward to your participation!

Program
Please check this table.
https://aeplan.jp/pssj2026/document/timetable.pdf

Date
Friday, 19 June 2026 11:00-11:50 (JST=UTC+9)

Venue
Torigin Cultural Center (Tottori)
https://tottori-caf.or.jp/kenbun/access/traffic/
Venue D (Meeting Room 2) & Zoom online

Participation fee
Free (on-site participation requires a separate annual meeting fee)

How to Participate
* For on-site participation, please come directly to the venue. No numbered tickets or other advance distribution will be provided.

* For online participation, please register in advance using this application form (deadline: June 18, 2026).
https://forms.gle/Ms9R9jBuEejcJ3UJA
After registration, you will receive a confirmation email. Please check it. Details, including the URL for online participation, will be sent via email approximately one week before the event.

*With the understanding of the Annual Meeting Organizing Committee and Secretariat, we can provide this important update to researchers in Japan and the Asian region through live Zoom streaming.

Language English

Speaker on site
Dr. Genji Kurisu, Head, PDBj and Professor, Institute for Protein Research, The University of Osaka

Other PDBj staff members are on standby
Prof. Yohei Miyanoiri for NMR deposition
Dr. Gert-Jan Bekker for PDB Data-out
Mr. Masashi Yokochi for One Dep
Dr. Satomi Niwa for biocuration.

Register for online participation in the PDBj's luncheon seminar at the 26th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan (PSSJ), on Zoom, 11:00-11:50(JST), 19 June 26 日本蛋白質構造データバンク(PDBj）が6月19日（金）11:00-11:50に行う、第26回日本蛋白質科学.....

05/06/2026

2026年6月19日（金）第26回日本蛋白質科学会年会
https://aeplan.jp/pssj2026/
にてランチョンセミナーを開催します
Zoomによるオンライン参加（Zoom）も可能です！

学会名：第26回日本蛋白質科学会年会

セミナータイトル：新しいPDB Betaアーカイブと12桁のPDB IDの準備はできていますか？

セミナー概要
PDBの4桁IDは枯渇しつつあるため、ID体系を12桁に拡張します。 wwPDBでは新たなPDBアーカイブ「PDB Beta」の提供を開始し、テストできるようにしています。 この新たなアーカイブのディレクトリ構成は拡張されたIDに基づいており、4文字のPDBIDが枯渇した後はこちらがメインアーカイブとなります。このBetaアーカイブにはすべてのPDBデータが収納されおり、毎週更新されています。 このセミナーではPDBIDや公開アーカイブの構成が現在どうなっていて将来はどうなるのかについて、旧式のPDBフォーマットの廃止に関して解説します。質疑応答の時間も設けています。みなさんのご参加をお待ちしています。

講演要旨をこちらにも掲載しています（英語）。
https://pdbj.org/cms-data/workshop/20260619/2026PSSJ_abst.pdf

プログラム・日程表：こちらをご確認ください

開催日時：2026年6月19日(金) 11:00 ～ 11:50（日本時間＝UTC+9）

会場：鳥取市・とりぎん文化会館　D会場（第2会議室）&Zoomオンライン

対面会場定員：100名

参加費：無料（対面参加は別途学会参加費が必要）

参加方法
・対面参加の場合は直接会場にお越しください。事前に整理券等の配布は行いません。
・オンライン参加の場合は、こちらの申し込みフォームより事前に参加を申し込んでください（2026年6月18日締切）。 申込後、確認メールが届きます。ご確認ください。 オンライン参加するためのアクセス先URLなど詳細は実施1週間ほど前にメールでお送りいたします。

※国内およびアジア地域の研究者の方々にもこの重要な更新情報をお知らせするため、年会組織委員会・事務局のみなさまのご理解を得て、Zoom生配信が可能となりました。

講演言語：英語

講演者・ファシリテーター
栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所）

質疑回答者
宮ノ入 洋平（大阪大学蛋白質研究所、NMR登録）
Gert-Jan Bekker（大阪大学蛋白質研究所、PDB Data-out全般）
横地 政志（大阪大学蛋白質研究所、OneDepシステム全般）
丹羽 智美（大阪大学蛋白質研究所、PDB登録全般）

01/06/2026

バクテリオファージは細菌に感染するウイルスです。これを使った細菌感染症治療薬はかつてからありましたが、抗生物質の登場により下火となっていました。しかし、抗生物質耐性菌の出現により、再びファージを使った治療が注目されつつあります。今回はそのようなお話です。

詳しくは今月の分子「318: 治療用ファージ（Therapeutic Phage）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/318?l=ja

Bacteriophages are viruses that infect bacteria. While bacteriophages have long been used to treat bacterial infections, their use declined with the advent of antibiotics. However, with the emergence of antibiotic-resistant bacteria, phage-based therapy is once again gaining attention. This article will discuss that topic.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 318: Therapeutic Phage
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/318

#バクテリオファージ

03/05/2026

損傷したタンパク質や不要となったタンパク質には分解対象であることを示す「ユビキチン」が付加され、それがプロテアソームに認識されて対象タンパク質は分解されます。分子接着剤分解剤は、ユビキチンを付加するE3ユビキチンリガーゼの働きを変化させ、ユビキチンの付加対象を別のものに変えてしまう薬剤で、PROTACはその一種です。これはがん治療薬などの開発に役立っています。今回はそのような分子のお話です。

詳しくは今月の分子「317: PROTACと分子接着剤分解剤（PROTACs and Molecular Glue Degraders）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/317?l=ja

Damaged or no longer needed proteins are marked with "ubiquitin," indicating they are to be degraded. This ubiquitin is then recognized by the proteasome, leading to the degradation of the target protein. Molecular glue degraders are drugs that alter the function of E3 ubiquitin ligases, which attach ubiquitin, thereby changing the target of ubiquitin attachment. PROTACs are one such type of drug. These are proving useful in developing cancer treatments and other therapies. This time, we'll be discussing such molecules.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 317: PROTACs and Molecular Glue Degraders
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/317

02/04/2026

昆虫も私たちと同様に匂いを感じるしくみを備えていますが、嗅覚受容体タンパク質は大きく異なっています。今回の記事では昆虫が持つ嗅覚受容体の構造について解説します。

詳しくは今月の分子「316: 昆虫の嗅覚受容体（Insect Odorant Receptors）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/316?l=ja

Insects, like us, have mechanisms for sensing smells, but their olfactory receptor proteins are quite different. This article explains the structure of insect olfactory receptors.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 316: Insect Odorant Receptors
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/316